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genome
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genomics
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plasmodium vivax
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sequence analysis, dna
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staphylococcal infections
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bmc genomics
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간행물
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nature biotechnology
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bmc genomics
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mbio
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science new york n y
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bioinformatics oxford england
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nature biotechnology: the science and business of biotechnology
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the journal of infectious diseases
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oxford univ press
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public library science
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amer diabetes assoc
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cold spring harbor lab press, publications dept
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Multicenter integrated analysis of noncoding CRISPRi screens
학술저널
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Nature Methods: Techniques for life scientists and chemists
. 21(4):723-734
Author
Yao, David
Tycko, Josh
Aff1, Aff2, IDs41592024022167_cor2
Oh, Jin Woo
Bounds, Lexi R.
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Gosai, Sager J.
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Lataniotis, Lazaros
Mackay-Smith, Ava
Doughty, Benjamin R.
Gabdank, Idan
Schmidt, Henri
Aff11, Aff12
Guerrero-Altamirano, Tania
Aff10, Aff13
Siklenka, Keith
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Guo, Katherine
White, Alexander D.
Youngworth, Ingrid
Andreeva, Kalina
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Barrera, Alejandro
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Luo, Yunhai
Yardımcı, Galip Gürkan
Tewhey
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Ryan
Kundaje, Anshul
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Greenleaf, William J.
Aff1, Aff19, Aff20, Aff21
Sabeti, Pardis C.
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Leslie, Christina
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Gersbach, Charles A.
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Reddy, Timothy E.
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Shen, Yin
Aff9, Aff26, Aff27
Engreitz, Jesse M.
Aff1, Aff28, Aff29
Bassik, Michael C.
Reilly, Steven K.
Aff30, IDs41592024022167_cor34
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Database : Springer Nature Journals
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2
Genome-wide association study identifies human genetic variants associated with fatal outcome from Lassa fever
학술저널
issue
Nature Microbiology
. 9(3):751-762
Author
Kotliar, Dylan
Aff1, Aff2, Aff3, IDs41564023015893_cor1
Raju, Siddharth
Aff1, Aff2
Tabrizi, Shervin
Aff1, Aff4, Aff5
Odia, Ikponmwosa
Goba, Augustine
Momoh, Mambu
Aff7, Aff8
Sandi, John Demby
Nair, Parvathy
Phelan, Eric
Tariyal, Ridhi
Eromon, Philomena E.
Aff6, Aff12
Mehta, Samar
Robles-Sikisaka, Refugio
Siddle, Katherine J.
Stremlau, Matt
Jalloh, Simbirie
Gire, Stephen K.
Winnicki, Sarah
Chak, Bridget
Schaffner, Stephen F.
Aff1, Aff17, Aff18
Pauthner, Matthias
Karlsson, Elinor K.
Aff1, Aff20, Aff21
Chapin, Sarah R.
Kennedy, Sharon G.
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Branco, Luis M.
Kanneh, Lansana
Vitti, Joseph J.
Broodie, Nisha
Gladden-Young, Adrianne
Omoniwa, Omowunmi
Jiang, Pan-Pan
Yozwiak, Nathan
Heuklom, Shannon
Moses, Lina M.
Akpede, George O.
Aff6, Aff32
Asogun, Danny A.
Rubins, Kathleen
Kales, Susan
Happi, Anise N.
Iruolagbe, Christopher O.
Dic-Ijiewere, Mercy
Iraoyah, Kelly
Osazuwa, Omoregie O.
Okonkwo, Alexander K.
Kunz, Stefan
McCormick, Joseph B.
Khan, S. Humarr
Honko, Anna N.
Lander, Eric S.
Aff1, Aff2, Aff40
Oldstone, Michael B. A.
Hensley, Lisa
Folarin, Onikepe A.
Aff12, Aff42
Okogbenin, Sylvanus A.
Günther, Stephan
Ollila, Hanna M.
Aff1, Aff44, Aff45, Aff46
Tewhey
,
Ryan
Okokhere, Peter O.
Aff6, Aff32, Aff36
Schieffelin, John S.
Andersen, Kristian G.
Reilly, Steven K.
Grant, Donald S.
Aff7, Aff24
Garry, Robert F.
Barnes, Kayla G.
Aff1, Aff18, Aff50, Aff51
Happi, Christian T.
Aff12, Aff18, Aff42, IDs41564023015893_cor64
Sabeti, Pardis C.
Aff1, Aff9, Aff17, Aff18, Aff22, Aff52, IDs41564023015893_cor65
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Database : Springer Nature Journals
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3
The functional and evolutionary impacts of human-specific deletions in conserved elements
학술저널
issue
Science
. 380(6643)
Author
Xue, James R
Mackay-Smith, Ava
Mouri, Kousuke
Garcia, Meilin Fernandez
Dong, Michael X
Akers, Jared F
Noble, Mark
Li, Xue
Lindblad-Toh, Kerstin
Karlsson, Elinor K
Noonan, James P
Capellini, Terence D
Brennand, Kristen J
Tewhey
,
Ryan
Sabeti, Pardis C
Reilly, Steven K
Andrews, Gregory
Armstrong, Joel C
Bianchi, Matteo
Birren, Bruce W
Bredemeyer, Kevin R
Breit, Ana M
Christmas, Matthew J
Clawson, Hiram
Damas, Joana
Di Palma, Federica
Diekhans, Mark
Eizirik, Eduardo
Fan, Kaili
Fanter, Cornelia
Foley, Nicole M
Forsberg-Nilsson, Karin
Garcia, Carlos J
Gatesy, John
Gazal, Steven
Genereux, Diane P
Goodman, Linda
Grimshaw, Jenna
Halsey, Michaela K
Harris, Andrew J
Hickey, Glenn
Hiller, Michael
Hindle, Allyson G
Hubley, Robert M
Hughes, Graham M
Johnson, Jeremy
Juan, David
Kaplow, Irene M
Keough, Kathleen C
Kirilenko, Bogdan
Koepfli, Klaus-Peter
Korstian, Jennifer M
Kowalczyk, Amanda
Kozyrev, Sergey V
Lawler, Alyssa J
Lawless, Colleen
Lehmann, Thomas
Levesque, Danielle L
Lewin, Harris A
Lind, Abigail
Marinescu, Voichita D
Marques-Bonet, Tomas
Mason, Victor C
Meadows, Jennifer RS
Meyer, Wynn K
Moore, Jill E
Moreira, Lucas R
Moreno-Santillan, Diana D
Morrill, Kathleen M
Muntané, Gerard
Murphy, William J
Navarro, Arcadi
Nweeia, Martin
Ortmann, Sylvia
Osmanski, Austin
Paten, Benedict
Paulat, Nicole S
Pfenning, Andreas R
Phan, BaDoi N
Pollard, Katherine S
Pratt, Henry E
Ray, David A
Rosen, Jeb R
Ruf, Irina
Ryan
, Louise
Ryder, Oliver A
Schäffer, Daniel E
Serres, Aitor
Shapiro, Beth
Smit, Arian FA
Springer, Mark
Srinivasan, Chaitanya
Steiner, Cynthia
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Database : eScholarship
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Widespread perturbation of ETS factor binding sites in cancer
학술저널
issue
Nature Communications
. 14(1)
Author
Carrasco Pro, Sebastian
Hook, Heather
Bray, David
Berenzy, Daniel
Moyer, Devlin
Yin, Meimei
Labadorf, Adam Thomas
Aff4, Aff5
Tewhey
,
Ryan
Siggers, Trevor
Aff1, Aff2, Aff6, IDs41467023365358_cor9
Fuxman Bass, Juan Ignacio
Aff1, Aff2, IDs41467023365358_cor10
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Whole-genome functional characterization of RE1 silencers using a modified massively parallel reporter assay
학술저널
issue
In
Cell Genomics
11 January 2023 3(1)
Author
Mouri, Kousuke
Dewey, Hannah B.
Castro, Rodrigo
Berenzy, Daniel
Kales, Susan
Tewhey
,
Ryan
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Prioritization of autoimmune disease-associated genetic variants that perturb regulatory element activity in T cells
학술저널
issue
Nature Genetics
. 54(5):603-612
Author
Mouri, Kousuke
Guo, Michael H.
Aff2, Aff3
de Boer, Carl G.
Aff3, Aff4
Lissner, Michelle M.
Aff5, Aff6
Harten, Ingrid A.
Newby, Gregory A.
Aff3, Aff8, Aff9, Aff10
DeBerg, Hannah A.
Platt, Winona F.
Gentili, Matteo
Liu, David R.
Aff3, Aff8, Aff9, Aff10
Campbell, Daniel J.
Aff5, Aff11
Hacohen, Nir
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Tewhey
,
Ryan
Aff1, IDs41588022010565_cor13
Ray, John P.
Aff3, Aff7, Aff11, IDs41588022010565_cor14
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7
CAGI, the Critical Assessment of Genome Interpretation, establishes progress and prospects for computational genetic variant interpretation methods
학술저널
issue
GENOME BIOLOGY
; FEB 22 2024, 25 1, p53 46p.
Author
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Bakolitsa, Constantina
Brenner, Steven E.
Radivojac, Predrag
Moult, John
Repo, Susanna
Hoskins, Roger A.
Andreoletti, Gaia
Barsky, Daniel
Chellapan, Ajithavalli
Chu, Hoyin
Dabbiru, Navya
Kollipara, Naveen K.
Ly, Melissa
Neumann, Andrew J.
Pal, Lipika R.
Odell, Eric
Pandey, Gaurav
Peters-Petrulewicz, Robin C.
Srinivasan, Rajgopal
Yee, Stephen F.
Yeleswarapu, Sri Jyothsna
Zuhl, Maya
Adebali, Ogun
Patra, Ayoti
Beer, Michael A.
Hosur, Raghavendra
Peng, Jian
Bernard, Brady M.
Berry, Michael
Dong, Shengcheng
Boyle, Alan P.
Adhikari, Aashish
Chen, Jingqi
Hu, Zhiqiang
Wang, Robert
Wang, Yaqiong
Miller, Maximilian
Wang, Yanran
Bromberg, Yana
Turina, Paola
Capriotti, Emidio
Han, James J.
Ozturk, Kivilcim
Carter, Hannah
Babbi, Giulia
Bovo, Samuele
Di Lena, Pietro
Martelli, Pier Luigi
Savojardo, Castrense
Casadio, Rita
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De Baets, Greet
Bonache, Sandra
Diez, Orland
Gutierrez-Enriquez, Sara
Fernandez, Alejandro
Montalban, Gemma
Ootes, Lars
Ozkan, Selen
Padilla, Natalia
Riera, Casandra
De la Cruz, Xavier
Diekhans, Mark
Huwe, Peter J.
Wei, Qiong
Xu, Qifang
Dunbrack, Roland L.
Gotea, Valer
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Margolin, Gennady
Fariselli, Piero
Kulakovskiy, Ivan V.
Makeev, Vsevolod J.
Penzar, Dmitry D.
Vorontsov, Ilya E.
Favorov, Alexander V.
Forman, Julia R.
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Avsec, Ziga
Celik, Muhammed H.
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Zeng, Haoyang
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Ritchie, Graham R. S.
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Mudge, Jonathan M.
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Yu, Yao
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Murakami, Katsuhiko
Nagai, Yoko
Imanishi, Tadashi
Mungall, Christopher J.
Jacobsen, Julius O. B.
Kim, Dongsup
Jeong, Chan-Seok
Jones, David T.
Li, Mulin Jun
Guthrie, Violeta Beleva
Bhattacharya, Rohit
Chen, Yun-Ching
Douville, Christopher
Fan, Jean
Kim, Dewey
Masica, David
Niknafs, Noushin
Sengupta, Sohini
Tokheim, Collin
Turner, Tychele N.
Yeo, Hui Ting Grace
Karchin, Rachel
Shin, Sunyoung
Welch, Rene
Keles, Sunduz
Li, Yue
Kellis, Manolis
Corbi-Verge, Carles
Strokach, Alexey V.
Kim, Philip M.
Klein, Teri E.
Mohan, Rahul
Sinnott-Armstrong, Nicholas A.
Wainberg, Michael
Kundaje, Anshul
Gonzaludo, Nina
Mak, Angel C. Y.
Chhibber, Aparna
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Sivadasan, Naveen
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Tosatto, Silvio C. E.
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Zhou, Fengfeng
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Schubach, Max
Kircher, Martin
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8
Synthetic DNA spike-ins (SDSIs) enable sample tracking and detection of inter-sample contamination in SARS-CoV-2 sequencing workflows
학술저널
issue
Nature Microbiology
. 7(1):108-119
Author
Lagerborg, Kim A.
Aff1, Aff2
Normandin, Erica
Aff1, Aff3
Bauer, Matthew R.
Aff1, Aff2
Adams, Gordon
Figueroa, Katherine
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MacInnis, Bronwyn L.
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,
Ryan
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Lemieux, Jacob E.
Aff1, Aff4
Sabeti, Pardis C.
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Reilly, Steven K.
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Siddle, Katherine J.
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9
Comparative transmissibility of SARS-CoV-2 variants Delta and Alpha in New England, USA
학술저널
issue
In
Cell Reports Medicine
19 April 2022 3(4)
Author
Altajar, Ahmad
DeJesus, Alexandra
Brito, Anderson
Watkins, Anne E.
Muyombwe, Anthony
Blumenstiel, Brendan S.
Neal, Caleb
Kalinich, Chaney C.
Liu, Chen
Loreth, Christine
Castaldi, Christopher
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Bernard, Clare
Nolet, Corey M.
Ferguson, David
Buzby, Erika
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Vicente, Gina
Rooke, Heather M.
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Ott, Isabel M.
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Brown, Jessica
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Fisher, Marissa E.
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DeFelice, Matthew T.
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Kerantzas, Nicholas
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Harrington, Rachel
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Baez, Stephanie
Fleming, Steve
Murphy, Steven
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Schulz, Wade
Mandese, Zoe M.
Earnest, Rebecca
Uddin, Rockib
Matluk, Nicholas
Renzette, Nicholas
Turbett, Sarah E.
Siddle, Katherine J.
Adams, Gordon
Tomkins-Tinch, Christopher H.
Petrone, Mary E.
Rothman, Jessica E.
Breban, Mallery I.
Koch, Robert Tobias
Billig, Kendall
Fauver, Joseph R.
Vogels, Chantal B.F.
Bilguvar, Kaya
De Kumar, Bony
Landry, Marie L.
Peaper, David R.
Kelly, Kevin
Omerza, Greg
Grieser, Heather
Meak, Sim
Martha, John
Dewey, Hannah B.
Kales, Susan
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Carpenter-Azevedo, Kristin
King, Ewa
Huard, Richard C.
Novitsky, Vlad
Howison, Mark
Darpolor, Josephine
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Kantor, Rami
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Brown, Catherine M.
Fink, Timelia
Lang, Andrew S.
Gallagher, Glen R.
Pitzer, Virginia E.
Sabeti, Pardis C.
Gabriel, Stacey
MacInnis, Bronwyn L.
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Adams, Mark D.
Park, Daniel J.
Lemieux, Jacob E.
Grubaugh, Nathan D.
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10
Direct characterization of cis-regulatory elements and functional dissection of complex genetic associations using HCR–FlowFISH
학술저널
issue
Nature Genetics
. 53(8):1166-1176
Author
Reilly, Steven K.
Aff1, Aff2
Gosai, Sager J.
Aff1, Aff2, Aff3
Gutierrez, Alan
Mackay-Smith, Ava
Ulirsch, Jacob C.
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Kanai, Masahiro
Aff1, Aff4, Aff5
Mouri, Kousuke
Berenzy, Daniel
Kales, Susan
Butler, Gina M.
Gladden-Young, Adrianne
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Aff7, Aff8
Stitzel, Michael L.
Aff7, Aff8, Aff9
Finucane, Hilary K.
Aff1, Aff4
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Aff1, Aff2, Aff10, Aff11
Tewhey
,
Ryan
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