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genetics
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science new york n y
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Malaria surveillance reveals parasite relatedness, signatures of selection, and correlates of transmission across Senegal
학술저널
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Nature Communications
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Author
Schaffner, Stephen F.
Badiane, Aida
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Gomis, Jules
Wong, Wesley
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Thwing, Julie
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Sene, Doudou
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Wirth, Dyann F.
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2
High-depth sequencing characterization of viral dynamics across tissues in fatal COVID-19 reveals compartmentalized infection
학술저널
issue
Nature Communications
. 14(1)
Author
Normandin, Erica
Aff1, Aff2, IDs4146702234256y_cor1
Rudy, Melissa
Barkas, Nikolaos
Schaffner, Stephen F.
Levine, Zoe
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Babadi, Mehrtash
Mukerji, Shibani S.
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Sabeti, Pardis C.
Aff1, Aff6, Aff7, Aff8
Solomon, Isaac H.
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DB Label
Database : Springer Nature Journals
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조회 - Impact Factor (JCR)
3
Evaluating the performance of Plasmodium falciparum genetic metrics for inferring National Malaria Control Programme reported incidence in Senegal
학술저널
issue
MALARIA JOURNAL
; MAR 5 2024, 23 1, p68 13p.
Author
Wong, Wesley
Schaffner, Stephen F.
Thwing, Julie
Seck, Mame Cheikh
Gomis, Jules
Diedhiou, Younouss
Sy, Ngayo
Ndiop, Medoune
Ba, Fatou
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Proctor, Joshua L.
Bever, Caitlin A.
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Combining genomics and epidemiology to track mumps virus transmission in the United States.
학술저널
issue
PLoS biology
. 18(2)
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Wohl, Shirlee
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Schaffner, Stephen F
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Burns, Meagan
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Krasilnikova, Lydia A
Siddle, Katherine J
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Yozwiak, Nathan L
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Simplified Cas13-based assays for the fast identification of SARS-CoV-2 and its variants
학술저널
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Nature Biomedical Engineering
. 6(8):932-943
Author
Arizti-Sanz, Jon
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Bradley, A’Doriann
Zhang, Yibin B.
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Boehm, Chloe K.
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Freije, Catherine A.
Grunberg, Michelle E.
Aff1, Aff4
Kosoko-Thoroddsen, Tinna-Solveig F.
Welch, Nicole L.
Aff1, Aff5
Pillai, Priya P.
Mantena, Sreekar
Aff1, Aff3
Kim, Gaeun
Aff1, Aff4
Uwanibe, Jessica N.
Aff6, Aff7
John, Oluwagboadurami G.
Eromon, Philomena E.
Kocher, Gregory
Gross, Robin
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Sabeti, Pardis C.
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Myhrvold, Cameron
Aff4, IDs4155102200889z_cor24
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6
Multiplexed CRISPR-based microfluidic platform for clinical testing of respiratory viruses and identification of SARS-CoV-2 variants
학술저널
issue
Nature Medicine
. 28(5):1083-1094
Author
Welch, Nicole L.
Aff1, Aff2, IDs41591022017341_cor1
Zhu, Meilin
Aff1, Aff3
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Aff1, Aff4
Weller, Juliane
Aff1, Aff5
Mirhashemi, Marzieh Ezzaty
Nguyen, Tien G.
Mantena, Sreekar
Bauer, Matthew R.
Aff1, Aff6
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Aff1, Aff4
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Thakku, Sri Gowtham
Aff1, Aff7
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Aff1, Aff3
Kehe, Jared
Aff1, Aff3
Uwera, Marie-Martine
Eversley, Jacqueline S.
Bielwaski, Derek A.
McGrath, Graham
Braidt, Joseph
Johnson, Jeremy
Cerrato, Felecia
Moreno, Gage K.
Krasilnikova, Lydia A.
Aff1, Aff8
Petros, Brittany A.
Aff1, Aff7, Aff9, Aff10
Gionet, Gabrielle L.
King, Ewa
Huard, Richard C.
Jalbert, Samantha K.
Cleary, Michael L.
Fitzgerald, Nicholas A.
Gabriel, Stacey B.
Gallagher, Glen R.
Smole, Sandra C.
Madoff, Lawrence C.
Brown, Catherine M.
Keller, Matthew W.
Wilson, Malania M.
Kirby, Marie K.
Barnes, John R.
Park, Daniel J.
Siddle, Katherine J.
Aff1, Aff8
Happi, Christian T.
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Hung, Deborah T.
Aff1, Aff16
Springer, Michael
Aff1, Aff10
MacInnis
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Bronwyn
L.
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Lemieux, Jacob E.
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Rosenberg, Eric
Aff4, Aff18
Branda, John A.
Blainey, Paul C.
Aff1, Aff3, Aff19
Sabeti, Pardis C.
Aff1, Aff8, Aff17, Aff19, Aff20, IDs41591022017341_cor49
Myhrvold, Cameron
Aff21, IDs41591022017341_cor50
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Database : Springer Nature Journals
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Multimodal surveillance of SARS-CoV-2 at a university enables development of a robust outbreak response framework
학술저널
issue
In
Med
9 December 2022 3(12):883-900
Author
Petros, Brittany A.
Paull, Jillian S.
Tomkins-Tinch, Christopher H.
Loftness, Bryn C.
DeRuff, Katherine C.
Nair, Parvathy
Gionet, Gabrielle L.
Benz, Aaron
Brock-Fisher, Taylor
Hughes, Michael
Yurkovetskiy, Leonid
Mulaudzi, Shandukani
Leenerman, Emma
Nyalile, Thomas
Moreno, Gage K.
Specht, Ivan
Sani, Kian
Adams, Gordon
Babet, Simone V.
Baron, Emily
Blank, Jesse T.
Boehm, Chloe
Botti-Lodovico, Yolanda
Brown, Jeremy
Buisker, Adam R.
Burcham, Timothy
Chylek, Lily
Cronan, Paul
Dauphin, Ann
Desreumaux, Valentine
Doss, Megan
Flynn, Belinda
Gladden-Young, Adrianne
Glennon, Olivia
Harmon, Hunter D.
Hook, Thomas V.
Kary, Anton
King, Clay
Loreth, Christine
Marrs, Libby
McQuade, Kyle J.
Milton, Thorsen T.
Mulford, Jada M.
Oba, Kyle
Pearlman, Leah
Schifferli, Mark
Schmidt, Madelyn J.
Tandus, Grace M.
Tyler, Andy
Vodzak, Megan E.
Krohn Bevill, Kelly
Colubri, Andres
MacInnis
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Bronwyn
L.
Ozsoy, A. Zeynep
Parrie, Eric
Sholtes, Kari
Siddle, Katherine J.
Fry, Ben
Luban, Jeremy
Park, Daniel J.
Marshall, John
Bronson, Amy
Schaffner, Stephen F.
Sabeti, Pardis C.
DB Label
Database : ScienceDirect
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Full Text (ScienceDirect O/A)
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Investigating the etiologies of non-malarial febrile illness in Senegal using metagenomic sequencing
학술저널
issue
NATURE COMMUNICATIONS
; JAN 25 2024, 15 1, p747 13p.
Author
Levine, Zoe C.
Sene, Aita
Mkandawire, Winnie
Deme, Awa B.
Ndiaye, Tolla
Sy, Mouhamad
Gaye, Amy
Diedhiou, Younouss
Mbaye, Amadou M.
Ndiaye, Ibrahima M.
Gomis, Jules
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Bronwyn
L.
Schaffner, Stephen F.
Park, Daniel J.
Badiane, Aida S.
Colubri, Andres
Ndiaye, Mouhamadou
Sy, Ngayo
Sabeti, Pardis C.
Ndiaye, Daouda
Siddle, Katherine J.
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9
Synthetic DNA spike-ins (SDSIs) enable sample tracking and detection of inter-sample contamination in SARS-CoV-2 sequencing workflows
학술저널
issue
Nature Microbiology
. 7(1):108-119
Author
Lagerborg, Kim A.
Aff1, Aff2
Normandin, Erica
Aff1, Aff3
Bauer, Matthew R.
Aff1, Aff2
Adams, Gordon
Figueroa, Katherine
Loreth, Christine
Gladden-Young, Adrianne
Shaw, Bennett M.
Aff1, Aff4
Pearlman, Leah R.
Berenzy, Daniel
Dewey, Hannah B.
Kales, Susan
Dobbins, Sabrina T.
Shenoy, Erica S.
Hooper, David
Pierce, Virginia M.
Aff6, Aff7, Aff8
Zachary, Kimon C.
Aff4, Aff9, Aff10
Park, Daniel J.
MacInnis
,
Bronwyn
L.
Aff1, Aff11, Aff12
Tewhey, Ryan
Aff5, Aff13, Aff14
Lemieux, Jacob E.
Aff1, Aff4
Sabeti, Pardis C.
Aff1, Aff3, Aff11, Aff12, Aff15
Reilly, Steven K.
Aff1, Aff16, IDs41564021010192_cor23
Siddle, Katherine J.
Aff1, Aff3
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10
Comparative transmissibility of SARS-CoV-2 variants Delta and Alpha in New England, USA
학술저널
issue
In
Cell Reports Medicine
19 April 2022 3(4)
Author
Altajar, Ahmad
DeJesus, Alexandra
Brito, Anderson
Watkins, Anne E.
Muyombwe, Anthony
Blumenstiel, Brendan S.
Neal, Caleb
Kalinich, Chaney C.
Liu, Chen
Loreth, Christine
Castaldi, Christopher
Pearson, Claire
Bernard, Clare
Nolet, Corey M.
Ferguson, David
Buzby, Erika
Laszlo, Eva
Reagan, Faye L.
Vicente, Gina
Rooke, Heather M.
Munger, Heidi
Johnson, Hillary
Tikhonova, Irina R.
Ott, Isabel M.
Razeq, Jafar
Meldrim, James C.
Brown, Jessica
Wang, Jianhui
Vostok, Johanna
Beauchamp, John P.
Grimsby, Jonna L.
Hall, Joshua
Messer, Katelyn S.
Larkin, Katie L.
Vernest, Kyle
Madoff, Lawrence C.
Green, Lisa M.
Webber, Lori
Gagne, Luc
Ulcena, Maesha A.
Ray, Marianne C.
Fisher, Marissa E.
Barter, Mary
Lee, Matthew D.
DeFelice, Matthew T.
Cipicchio, Michelle C.
Smith, Natasha L.
Lennon, Niall J.
Fitzgerald, Nicholas A.
Kerantzas, Nicholas
Hui, Pei
Harrington, Rachel
Downing, Randy
Haye, Rashida
Lynch, Ryan
Anderson, Scott E.
Hennigan, Scott
English, Sean
Cofsky, Seana
Clancy, Selina
Mane, Shrikant
Ash, Stephanie
Baez, Stephanie
Fleming, Steve
Murphy, Steven
Chaluvadi, Sushma
Alpert, Tara
Rivard, Trevor
Schulz, Wade
Mandese, Zoe M.
Earnest, Rebecca
Uddin, Rockib
Matluk, Nicholas
Renzette, Nicholas
Turbett, Sarah E.
Siddle, Katherine J.
Adams, Gordon
Tomkins-Tinch, Christopher H.
Petrone, Mary E.
Rothman, Jessica E.
Breban, Mallery I.
Koch, Robert Tobias
Billig, Kendall
Fauver, Joseph R.
Vogels, Chantal B.F.
Bilguvar, Kaya
De Kumar, Bony
Landry, Marie L.
Peaper, David R.
Kelly, Kevin
Omerza, Greg
Grieser, Heather
Meak, Sim
Martha, John
Dewey, Hannah B.
Kales, Susan
Berenzy, Daniel
Carpenter-Azevedo, Kristin
King, Ewa
Huard, Richard C.
Novitsky, Vlad
Howison, Mark
Darpolor, Josephine
Manne, Akarsh
Kantor, Rami
Smole, Sandra C.
Brown, Catherine M.
Fink, Timelia
Lang, Andrew S.
Gallagher, Glen R.
Pitzer, Virginia E.
Sabeti, Pardis C.
Gabriel, Stacey
MacInnis
,
Bronwyn
L.
Tewhey, Ryan
Adams, Mark D.
Park, Daniel J.
Lemieux, Jacob E.
Grubaugh, Nathan D.
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