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Deep Learning for Protein-Ligand Docking: Are We There Yet?
보고서
Author
Morehead, Alex
Giri
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Liu, Jian
Cheng, Jianlin
DB Label
Database : arXiv
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Open Access (Arxiv)
2
High-Performance Deep Learning Toolbox for Genome-Scale Prediction of Protein Structure and Function
회의자료
issue
2021 IEEE/ACM Workshop on Machine Learning in High Performance Computing Environments (MLHPC) MLHPC Machine Learning in High Performance Computing Environments (MLHPC), 2021 IEEE/ACM Workshop on. :46-57 Nov, 2021
Author
Gao, Mu
Lund-Andersen, Peik
Morehead, Alex
Mahmud, Sajid
Chen, Chen
Chen, Xiao
Giri
,
Nabin
Roy, Raj S.
Quadir, Farhan
Effler, T. Chad
Prout, Ryan
Abraham, Subil
Elwasif, Wael
Haas, N. Quentin
Skolnick, Jeffrey
Cheng, Jianlin
Sedova, Ada
DB Label
Database : IEEE Xplore Digital Library
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Full Text (IEEE)
3
Deep learning for reconstructing protein structures from cryo-EM density maps: recent advances and future directions
보고서
issue
Current Opinion in Structural Biology Volume 79, April 2023, 102536
Author
Giri
,
Nabin
Roy, Raj S.
Cheng, Jianlin
DB Label
Database : arXiv
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Open Access (Arxiv)
4
DRLComplex: Reconstruction of protein quaternary structures using deep reinforcement learning
보고서
Author
Soltanikazemi, Elham
Roy, Raj S.
Quadir, Farhan
Giri
,
Nabin
Morehead, Alex
Cheng, Jianlin
DB Label
Database : arXiv
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Open Access (Arxiv)
5
Cryo2StructData: A Large Labeled Cryo-EM Density Map Dataset for AI-based Modeling of Protein Structures
학술저널
issue
Scientific Data
. 11(1)
Author
Giri
,
Nabin
Aff1, Aff2
Wang, Liguo
Cheng, Jianlin
Aff1, Aff2, IDs41597024032999_cor3
DB Label
Database : Springer Nature Journals
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조회 - Impact Factor (JCR)
6
Deep learning for reconstructing protein structures from cryo-EM density maps: Recent advances and future directions
학술저널
issue
In
Current Opinion in Structural Biology
April 2023 79
Author
Giri
,
Nabin
Roy, Raj S.
Cheng, Jianlin
DB Label
Database : ScienceDirect
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등재 - SCOPUS
조회 - Impact Factor (JCR)
7
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15-CAPRI experiment
학술저널
issue
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
; OCT 31 2023, 26p.
Author
Lensink, Marc F.
Brysbaert, Guillaume
Raouraoua, Nessim
Bates, Paul A.
Giulini, Marco
Honorato, Rodrigo V.
van Noort, Charlotte
Teixeira, Joao M. C.
Bonvin, Alexandre M. J. J.
Kong, Ren
Shi, Hang
Lu, Xufeng
Chang, Shan
Liu, Jian
Guo, Zhiye
Chen, Xiao
Morehead, Alex
Roy, Raj S.
Wu, Tianqi
Giri
,
Nabin
Quadir, Farhan
Chen, Chen
Cheng, Jianlin
Del Carpio, Carlos A.
Ichiishi, Eichiro
Rodriguez-Lumbreras, Luis A.
Fernandez-Recio, Juan
Harmalkar, Ameya
Chu, Lee-Shin
Canner, Sam
Smanta, Rituparna
Gray, Jeffrey J.
Li, Hao
Lin, Peicong
He, Jiahua
Tao, Huanyu
Huang, Sheng-You
Roel-Touris, Jorge
Jimenez-Garcia, Brian
Christoffer, Charles W.
Jain, Anika J.
Kagaya, Yuki
Kannan, Harini
Nakamura, Tsukasa
Terashi, Genki
Verburgt, Jacob C.
Zhang, Yuanyuan
Zhang, Zicong
Fujuta, Hayato
Sekijima, Masakazu
Kihara, Daisuke
Khan, Omeir
Kotelnikov, Sergei
Ghani, Usman
Padhorny, Dzmitry
Beglov, Dmitri
Vajda, Sandor
Kozakov, Dima
Negi, Surendra S.
Ricciardelli, Tiziana
Barradas-Bautista, Didier
Cao, Zhen
Chawla, Mohit
Cavallo, Luigi
Oliva, Romina
Yin, Rui
Cheung, Melyssa
Guest, Johnathan D.
Lee, Jessica
Pierce, Brian G.
Shor, Ben
Cohen, Tomer
Halfon, Matan
Schneidman-Duhovny, Dina
Zhu, Shaowen
Yin, Rujie
Sun, Yuanfei
Shen, Yang
Maszota-Zieleniak, Martyna
Bojarski, Krzysztof K.
Lubecka, Emilia A.
Marcisz, Mateusz
Danielsson, Annemarie
Dziadek, Lukasz
Gaardlos, Margrethe
Gieldon, Artur
Liwo, Adam
Samsonov, Sergey A.
Slusarz, Rafal
Zieba, Karolina
Sieradzan, Adam K.
Czaplewski, Cezary
Kobayashi, Shinpei
Miyakawa, Yuta
Kiyota, Yasuomi
Takeda-Shitaka, Mayuko
Olechnovic, Kliment
Valancauskas, Lukas
Dapkunas, Justas
Venclovas, Ceslovas
Wallner, Bjorn
Yang, Lin
Hou, Chengyu
He, Xiaodong
Guo, Shuai
Jiang, Shenda
Ma, Xiaoliang
Duan, Rui
Qui, Liming
Xu, Xianjin
Zou, Xiaoqin
Velankar, Sameer
Wodak, Shoshana J.
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8
Improving Protein–Ligand Interaction Modeling with cryo-EM Data, Templates, and Deep Learning in 2021 Ligand Model Challenge.
학술저널
issue
Biomolecules (2218-273X)
. Jan2023, Vol. 13 Issue 1, p132. 17p.
Author
Giri
,
Nabin
1
(AUTHOR)
Cheng, Jianlin
1
(AUTHOR)
chengji@missouri.edu
DB Label
Database : Academic Search Complete
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조회 - Impact Factor (JCR)
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Combining pairwise structural similarity and deep learning interface contact prediction to estimate protein complex model accuracy in CASP15.
학술저널
issue
Proteins; Dec2023, Vol. 91 Issue 12, p1889-1902, 14p
Author
Roy, Raj S.
Jian Liu
Giri
,
Nabin
Zhiye Guo
Jianlin Cheng
DB Label
Database : Complementary Index
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Full Text (Wiley-DB)
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조회 - Impact Factor (JCR)
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Power Generation Using Parabolic Dish CSP Technology.
회의자료
issue
AIP Conference Proceedings; 2020, Vol. 2204 Issue 1, p040023-1-040023-10, 10p, 3 Color Photographs, 7 Diagrams, 7 Charts, 5 Graphs
Author
Pathak, Rabi
K. C., Pramod
Madhusudhan
L., Harish Kumar
Giri
,
Nabin
Uprety, Sujan
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Database : Complementary Index
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